背鳍不一样。旗鱼巨大的背鳍展开后，就像船帆和旗帜一样。而剑鱼的背鳍偏小，类似鲨鱼鳍。剑鱼和旗鱼都属于鲈形目，但两者是不同的物种，属于不同的科属。两种鱼都有最鲜明的“长剑”，但是“长剑”的长度不一样，剑鱼的喙占了体长的三分之一，要比旗鱼长一些。
剑鱼颜色各异，大体上鱼背和鱼身为棕偏黑色。剑鱼平均重量为68-113千克，平均长度2.1米，嘴占其身长的1/3。剑鱼的主要食物为其它鱼类和乌贼。剑鱼分布于除北冰洋之外各大洋，其本身也是一种主要的食用鱼，具有重要渔业价值。
旗鱼肉嫩肥美，其肌肉的颜色不同，有白色、淡红色、鲜红色等，营养价值极高，是高级鱼类食材。鲈形目(Perciformes)旗鱼科(Istiophoridae)旗鱼属(Istiophorus)的重要食用鱼和游钓鱼，广泛分布于全世界热带、亚热带海域，中国产于南海诸岛。
剑鱼和旗鱼外形有些相似，它有非常长的上鄂，不同的是，剑鱼的上鄂横切面是扁的而不是圆的。剑鱼拥有典型的流线型身体，体表光滑，上颌长而尖，背部的鳍较小，嘴较扁平，无腮和腹鳍。