1、改变环境：转基因食品在种植、生长过程中。对土壤和周边的生态环境会造成一定的影响。2、心理恐慌：长期食用转基因食品，会造成一定的心理负担，产生心理性疾病。3、害虫升级：转基因食品本身就还有灭杀害虫的基因，但是害虫可以依靠淘汰、进化，对这种特征产生更高的抵御性，造成农药也无法灭杀的可能。
4、产生毒素或增加食品毒素含量：一些研究学者认为，转基因食品可能增加微量毒素的含量，严重的会导致某些遗传类疾病。
5、营养成分减少：英国伦理和毒性中心的试验报告说，转基因食品中对人体有益的成份减少了12%至14%。
在转基因食品中，消费者食用最频繁的，当属食用油。中国对转基因食品的进口与上市一直持谨慎态度。生活中与老百姓相关度最高的转基因食品就是大豆色拉油。