1、产地区别：麻椒主产于贵州/四川甘孜阿坝和西藏，花椒主产于陕西、甘肃、四川。2、色泽上区别：麻椒颜色浅，偏棕黄色；花椒颜色重，红色鲜艳。3、口感上区别：麻椒的味道比花椒重。突出麻味，且时间久，而花椒香味浓郁，麻味适中。俩者在川菜中都有者重要的地位。
鲜果实颜色没有大区别，花椒果皮顶端很少有残留的花柱，麻椒几乎全部保留花柱；花椒果皮有气孔无瘤状突起，麻椒瘤状突起特别明显，果皮在光线下有许多亮点。干花椒颜色发红，干麻椒发褐色。花椒树形比较松散，枝条较粗壮而长。
麻椒树形相对紧簇一些，枝条细弱一些。花椒叶片较厚，多为7-9片羽状复叶，甚至11-13片，叶柄翅上无羽状，尔麻椒相对较薄，多为3-5片羽状复叶，且叶柄上有羽状翅。
麻椒是花椒的一种。花椒，别名：檓、大椒、秦椒、蜀椒、川椒或山椒。为芸香科、花椒属落叶灌木或小乔木，可孤植又可作防护刺篱。其果皮可作为调味料，并可提取芳香油，又可入药，种子可食用，也可加工制作肥皂。