1、目的不同：买单出口以“逃税、逃费、逃汇、逃证”为目的，通过伪造或购买其它进出口公司的通关单证，并以该公司的名义进行外贸出口，代理出口属正当操作。
2、后果不同：买单出口易导致骗税、逃税和非法买卖外汇违法案件的发生，进而严重影响国家出口业务的健康发展。
3、退税方面不同：买单出口工厂开不出17个税点的增票，无法核销退税，无法取得出口退税利润。代理出口工厂开具17个税点的增票，可以核销、退税。
买单出口和代理出口的定义
1、买单出口
“买单出口”是伪造或购买其他进出口公司的通关单证的违法行为。这些通关单证包括：通关单、报关单、报关委托书、装箱单、商业发票、外销合同、报检委托书、存仓委托书等通关单证。
2、代理出口
代理出口业务是指出口企业代理国内委托方办理对外洽谈、签约、发运、交单及结汇的全过程，或办理对外销售商品及交单、结汇的出口业务。
代理出口的特点
代理出口是“自营出口”的对称。出口企业接受其他企业的委托代为办理出口的一种贸易方式。代理出口必须事先签订代理出口协议。受托企业与外商签订出口合同，代为报关出口，代为办理外汇结算等服务，受托企业只向委托企业收取一定的手续费，不负担出口产品的盈亏。由委托企业申报出口退（免）税。具有以下特点：
1、受托、委托双方应事先签订代理出口协议，明确规定经营商品、代理范围、商品交接、储存运输、费用负担、手续费率、外汇划拨、索赔处理、货款结算以及双方有关职责等。
2、受托企业经办代理出口业务，不垫付商品资金，不负担基本费用，不承担出口销售盈亏，仅收取手续费。
3、受托企业按出口销货发票的金额及规定的手续费率，向委托方收取手续费，作为经办代理出口业务的管理费用开支和收益。
4、代理出口商品的出口退税归委托方，一般由受托企业负责去所在地的税务局开立代理出口退税证明，由委托方持证明和出口报关单、出口收汇核销单及代理出口协议副本等文件向当地税务部门办理退税。