对多原子分子来说，分子比原子大。通俗点说，只有同种元素的分子和原子才能比较大小。对多原子分子来说，分子比原子大，如氧气分子大于氧原子。不同种元素的分子和原子不能比较大小。不同物质的分子和原子不能直接比较，因为不管是体积还是质量，有的分子大于原子，有的原子大于分子。
分子是保持物质化学性质的最小粒子。原子是化学变化中的最小粒子。分子与原子都是构成物质的一种粒子，质量和体积都非常小，彼此间有间隔，在不停地运动，都既有种类之分，又有个数之别，都不显电性。分子总是在不断的运动。
分子并不是保持物质化学性质的唯一粒子，因为原子、离子也能保持物质的化学性质。如果物质是由分子构成，则分子就保持该物质的化学性质。如果物质是由原子直接构成的，则原子就保持它们的化学性质。如果物质由离子构成，则离子就是保持物质化学性质的粒子。
从概念上看，原子是化学变化中的最小粒子，即是用化学方法不能再分的粒子。也就是说用其他方法还能将原子再分。原子还能分成质子、中子和电子。原子的特性：原子的质量和体积也很小；原子也在不断运动，其运动速率与温度有关；原子之间也有间隔，原子间的间隔也与温度和压强有关，其变化规律与分子的变化规律一致。