小龙虾的头部是不可以吃的，虾的循环系统和呼吸系统和生殖系统都集中在头胸部，腹部可以说只是运动器官。虾头中不仅有很多为成型的卵，还有很多其他的小龙虾自身的垃圾毒素，龙虾的头部非常容易吸收重金属和毒素。
除了虾头里的虾黄不能吃，在剥开虾的身体有一条线也不能吃，虾腹部背面的那条黑线是它的肠子，里面当然是虾便便，烹饪前就应该去掉。除了这些，还不能吃醉虾，虾刺身等食物，一些寄生虫可以虾为中间宿主，以肝吸虫为例，它的幼体“囊蚴”寄生在虾的肌肉里。人们总以为，在高温烹饪过程中可以杀死食物中的寄生虫，但是科学研究表明，有些寄生虫在烹饪过程也无法杀死。
对于小龙虾的卫生非常重要，如果是在外面吃小龙虾就要选择卫生条件较好的餐馆，如果是自己做小龙虾就要在清洁小龙虾方面花比较多的功夫。而且最好在小龙虾买回来之后浴顿自肌泛用清水饲养24小时，这二十四小时足够让龙虾排出体内原先的赃物，同时，要用刷子洗净其身体上的脏物，将隐藏的泥沙和肠线都剔除干净。
煮之前就可以考虑把虾头去掉，还一定要保证小龙虾煮熟了。对于吃小龙虾一定要节制，而且也不是所有人都适合吃小龙虾。小龙虾还不能与葡萄、石榴、山楂、柿子、啤酒等一起食用。