1、粗糙：硅藻泥远看美观，近看粗糙。2、难清理：吸附性强，污渍十分难清理干净。3、不防水：厨房、卫生间等过于潮湿的地方不适用。4、施工难：硅藻泥属于新型材料，偏远地区的施工工人不熟悉施工程序。5、硬度低：碰撞后易碎成小块脱落。6、价格贵。
硅藻泥的主要成分是硅藻土，硅藻土是一种生物成因的硅质沉积岩，它主要由古代硅藻的遗骸所组成。
硅藻是最早在地球上出现的一种单细胞藻类生物，生存在海水或者湖水中，形体极为微小，常常以惊人的速度生长繁殖。经历了亿万年，硅藻及其他浮游生物沉积成为了水底的硅藻泥。
硅藻泥是一种新型天然的环保涂料，用来替代乳胶漆和壁纸，适用于别墅、酒店、家居、公寓、医院等内墙装饰。由于硅藻土吸湿性强，耐水性较差，目前应用于外墙的并不多。