农行聚合码收款有手续费。农行聚合收款码根据付款方的支付方式不同，所收取的手续费也是不一样的，其费率是有所差别的。使用微信、支付宝第三方支付机构付款的，费率为0.38%；使用借记卡扫码付款的手续费率为0.5%，最高不超过20元。
农行聚合收款码是农业银行为借记卡和贷记卡客户提供的支付业务，它是面向商户收费的，农行静态聚合码适用于单笔交易金额较小、交易笔数较多的商户。农行扫码付支持主扫与被扫模式，付款需要提供验证密码。
商户在申请成功后会生成一个静态码，付款人使用手机扫一下这个静态码，就能实现收付款。而且是直接汇款到银行卡中，减少了提现的手续费和时间。让小商户节约了经营成本，增加了经营效益。
聚合码还支持信用卡支付，商户信用卡交易限额单笔1000元，单日1000元，单月10000元；Ⅱ类商户借记卡交易限额变更为为单笔5000元，单日10万元，单月300万元。而且到2018年12月31日使用农行聚合码还有免手续费的优惠。