港澳通行证的签注是代表你前往的目的地与可前往的次数。在申请办理港澳通行证时，填写申请表格中有一项选择是让你选择你所要前往的目的地，如果选了香港，那么通行证的签注就是香港签注。选择澳门的话同样就是澳门签注，当通行证上的签注是香港的话那么就只能前往香港旅游，如果是澳门签注那么也是只能去澳门旅游，不能去香港。
在签注上会注明可以前往的次数，目前办理的通行证的来往次数都是2次的。次数用完了可以续签。但是也可以把两次来往次数签注选择为香港或澳门各一次。
往来港澳通行证，俗称双程证，是由中华人民共和国出入境管理局签发给中国内地居民因私往来香港或澳门地区旅游、探亲、从事商务、培训、就业、留学等非公务活动的旅行证件。
内地居民因私往来香港或澳门特别行政区旅游、探亲、从事商务、培训、就业等非公务活动，向户口所在地的市、县公安出入境管理部门提出申请。凭公安出入境管理部门签发的往来港澳通行证及有效签注前往。