目前重庆轨道交通全线网最小行车间隔是2分30秒；最大行车间隔是10分钟。每条线路的行车间隔时间都有工作日和双休日之分。
运营期间将一整天的时间分为高峰期和平峰期，高峰期时段上线列车多、行车间隔短、客流量大；平峰期上线列车少、行车间隔长、客流量适中)。根据高峰期、平峰期以及每条线路列车数量、客流情况制定行车间隔，最大程度方便乘客乘车。
环线最小行车间隔：工作日3分30秒；双休日6分钟
1号线最小行车间隔：工作日2分50秒；双休日4分钟
2号线最小行车间隔：工作日3分钟；双休日4分钟
3号线最小行车间隔：工作日2分30秒；双休日3分钟
4号线最小行车间隔：工作日10分钟；双休日10分钟
5号线最小行车间隔：工作日一期北段5分钟，一期南段6分钟；双休日9分钟
6号线最小行车间隔：工作日3分10秒；双休日5分20秒
国博线最小行车间隔：工作日10分钟；双休日10分钟
10号线最小行车间隔：工作日6分30秒；双休日9分钟