吐鲁番主要有5个火车站，分别是吐鲁番站、吐鲁番北站、鄯善站、吐哈站、鄯善北站。吐鲁番位于自治区中部，是天山东部的一个东西横置的形如橄榄状的山间盆地，四面环山，吐鲁番是连接内地、中亚地区及南北疆的交通枢纽。兰新铁路、南疆铁路在吐鲁番交汇。
吐鲁番站位于新疆吐鲁番市高昌区大河沿镇，是南疆铁路的起点站。新建东侧环线联络线自兰新铁路吐鲁番站房东段咽喉引出，折向南下穿兰新铁路后，迂回引入站房对侧车站东端咽喉。
吐鲁番北站新疆维吾尔自治区吐鲁番市鄯善县火车站镇，吐鲁番北站主体设计分上下两层。上层为旅客进站通道，设有售票窗口；下层为旅客出站通道，车辆可通过引桥直接驶往上层送达旅客。
鄯善站是兰新铁路的一座火车站，离兰州站1609公里，离乌鲁木齐站283公里，隶属乌鲁木齐铁路局乌鲁木齐车务段管辖，现为三等站。